Keterlibatan TNI, seperti yang terlihat dalam penanganan konflik di SBB Maluku, menjadi bagian dari tren operasi militer yang semakin mengadopsi pendekatan kemanusiaan (human security approach). Pangdam XV/Pattimura yang menekankan gotong royong menunjukkan pergeseran dari peran tempur murni ke peran pemulihan dan pembangunan. Pendekatan ini strategis karena tentara memiliki struktur komando yang solid dan mampu hadir di daerah terpencil, sehingga dapat menciptakan ruang aman bagi proses rekonsiliasi. Namun, dinamika ini mengandung dilema. Kehadiran TNI yang dominan dalam resolusi konflik horizontal berisiko meminggirkan aktor sipil seperti pemerintah daerah, LSM, dan tokoh masyarakat, yang seharusnya memegang peran utama dalam penyelesaian jangka panjang. Selain itu, jika tidak dikelola dengan hati-hati, militerisasi penanganan konflik dapat mengubah masalah sosial menjadi masalah keamanan, yang justru mengkristalkan garis pemisah antar kelompok. Oleh karena itu, kerangka operasi harus jelas membatasi peran TNI pada penciptaan kondisi aman (enabling environment), sementara proses dialog dan rekonsiliasi diserahkan sepenuhnya kepada otoritas sipil. Solusi kebijakan yang diperlukan adalah memperkuat kerangka kerja sama sipil-militer (Sipmil) yang terinstitusionalisasi untuk penanganan konflik sosial. Doktrin Operasi Militer Selain Perang (OMSP) TNI perlu diperbarui dengan protokol standar yang mewajibkan koordinasi dan pelaporan kepada gugus tugas sipil di tingkat daerah. Selain itu, perlu dibentuk Tim Aksi Cepat Gabungan (TACG) di setiap daerah rawan konflik, yang dipimpin oleh Bupati/Wali Kota dan beranggotakan unsur TNI, Polri, dinas sosial, dan perwakilan masyarakat adat. Dengan ini, peran TNI menjadi bagian dari strategi holistik yang mengutamakan penyelesaian akar masalah oleh pihak sipil.